Revista argentina de microbiología

Pioneer Argentine mycologists in the study of histoplasmosis

Novel organic solvent-tolerant esterase isolated by metagenomics: insights into the lipase/esterase classification

In order to isolate novel organic solvent-tolerant (OST) lipases, a metagenomic library was built using DNA derived from a temperate forest soil sample. A two-step activity-based screening allowed the isolation of a lipolytic clone active in the presence of organic solvents. Sequencing of the plasmid pRBest recovered from the positive clone revealed the presence of a putative lipase/esterase encoding gene. The deduced amino acid sequence (RBest1) contains the conserved lipolytic enzyme signature and is related to the previously described OST lipase from Lysinibacillus sphaericus 205y, which is the sole studied prokaryotic enzyme belonging to the 4.4 a/ß hydrolase subgroup (abH04.04). Both in vivo and in vitro studies of the substrate specificity of RBest1, using triacylglycerols or nitrophenyl-esters, respectively, revealed that the enzyme is highly specific for butyrate (C4) compounds, behaving as an esterase rather than a lipase. The RBest1 esterase was purified and biochemically characterized. The optimal esterase activity was observed at pH 6.5 and at temperatures ranging from 38 to 45 °C. Enzymatic activity, determined by hydrolysis of p-nitrophenyl esters, was found to be affected by the presence of different miscible and non-miscible organic solvents, and salts. Noteworthy, RBest1 remains significantly active at high ionic strength. These findings suggest that RBest1 possesses the ability of OST enzymes to molecular adaptation in the presence of organic compounds and resistance of halophilic proteins.

Con el fin de aislar nuevas variantes de lipasas tolerantes a solventes organicos (OST), se construyo una libreria metagenomica a partir de ADN obtenido de una muestra de suelo de bosque templado. A traves de un monitoreo en dos etapas, basado en la deteccion de actividades, se aislo un clon con actividad lipolitica en presencia de solventes organicos. La secuenciacion del plasmido pRBest recuperado del clon positivo revelo la presencia de un gen codificante de una hipotetica lipasa/esterasa. La secuencia deducida de amino acidos (RBest1) contiene los motivos conservados de enzimas lipoliticas y esta relacionada con la lipasa OST previamente descrita de Lysinibacillus sphaericus 205y, que es la unica enzima procariota estudiada perteneciente al subgrupo 4.4 de a/ß hidrolasas (abH4.04). Estudios in vivo e in vitro sobre la especificidad de sustratos de RBest1, utilizando triacil-gliceroles o p-nitrofenil-esteres, respectivamente, revelaron que la enzima es altamente especifica para compuestos butiricos (C4), comportandose como una esterasa y no como una lipasa. La esterasa RBest1 fue purificada y caracterizada bioquimicamente. La actividad optima de esterasa fue observada a pH 6,5 y las temperaturas optimas fueron entre 38 y 45 °C. Se establecio que la actividad enzimatica, determinada por hidrolisis de p-nitrofenil esteres, es afectada en presencia de diferentes solventes organicos miscibles y no miscibles, y tambien sales. Notoriamente, RBest1 permanece significativamente activa a elevadas fuerzas ionicas. Estos hallazgos sugieren que RBest1 posee la capacidad de las enzimas OST de la adaptacion molecular en presencia de compuestos organicos, asi como la resistencia de las proteinas halofilas.

Immune response and reproductive consequences in experimentally infected ewes with Brucella ovis during late pregnancy

La brucelosis ovina por Brucella ovis es una enfermedad de prevalencia alta en Argentina. Para evaluar la patogenicidad de B. ovis y la respuesta serológica durante el último mes de gestación, 6 ovejas se distribuyeron en dos grupos: G1, ovejas preñadas, n = 4 y G2, ovejas no preñadas, n = 2. Tres ovejas del G1 (15 días preparto) y una del G2 fueron inoculadas con B. ovis. Se analizaron muestras de suero mediante diferentes pruebas serológicas. Se realizó aislamiento y PCR a partir de mucus cérvico-vaginal (mcv), placenta y leche. En las muestras de placenta se realizó histopatología. Las hembras del G1 parieron corderos vivos; se detectaron anticuerpos en las ovejas desafiadas del G1 a partir de los 5 días posinoculación. El mcv de las ovejas desafiadas resultó negativo al aislamiento en ambos grupos. Las muestras de leche del G1 fueron positivas por cultivo y PCR a B. ovis. La técnica de PCR resultó positiva en las placentas de las ovejas desafiadas del G1. La histopatología reveló una placentitis necrótica supurativa en una de las ovejas desafiadas. El desafío con B. ovis preparto resultó en la invasión de la placenta y de la glándula mamaria, con la consecuente excreción de la bacteria por leche. La infección con B. ovis indujo una respuesta humoral temprana en las ovejas. La colonización de la placenta por B. ovis y la excreción de la bacteria por la leche sugieren un potencial riesgo de infección activa para los corderos y la posibilidad de que estos se comporten como portadores latentes de la infección.

Ovine brucellosis by Brucella ovis is a highly prevalent disease in Argentina. This study aimed to evaluate the pathogenicity of B. ovis and the serological response in ewes during late pregnancy and in their offspring. Six adult ewes were distributed in two groupsGI (pregnant females, n = 4) and G2 (nonpregnant females, n = 2). Three pregnant ewes at 15 days prepartum and one nonpregnant eve were inoculated with B. ovis. Sera of sheep and their offspring were analyzed by different serological tests. Samples of cervicovaginal mucus, placenta and milk were studied by bacteriology. A Brucella genus-specific PCR assay was carried out in placenta and milk samples. Placenta samples were hystopathologically processed. G1 females gave birth to live lambs, but one died hours postpartum. Serological techniques employed detected antibodies in serum of inoculated pregnant animal 5 days postchallenge. Sera of female controls G1 and G2 remained negative throughout the study. Cervicovaginal mucus of infected ewes in G1 and G2 yielded negative results to bacteriology, but B. ovis was isolated from milk. The PCR assay was positive for the placenta and milk from inoculated pregnant ewes. Histopathology revealed necrotic suppurative placentitis in one placenta. However, although results demonstrated that B. ovis can invade the placenta and mammary gland, this bacterium did not cause abortion when it was inoculated intravenously at 15 days prepartum. B. ovis infection induced an early humoral response in pregnant ewes, but their lambs remained seronegative, indicating that there was no transfer of antibodies in infancy. Placenta colonization and milk excretion of B. ovis involves a potential source of infection for lambs, which could play a role as latent carriers of infection.

Association between embB mutations and ethambutol resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates from Cuba and the Dominican Republic: reproducible patterns and problems

The relation of ethambutol resistance to embB mutations remains unclear, and there are no reports on ethambutol resistance from the Caribbean. We examined the sequence of embB in 57 distinct Multi-Drug Resistant (MDR) and non-MDR strains of Mycobacterium tuberculosis, mostly from Cuba and the Dominican Republic. embB306 codon mutations were found exclusively in MDR-TB, but in both ethambutol sensitive and resistant strains. Valine substitutions predominated in ethambutol resistant strains, while isoleucine replacements were more common in sensitive strains. Three ethambutol resistant MDR strains without embB306 substitutions had replacements in embB406 or embB497, but these were also found in ethambutol sensitive MDR strains. The results confirm previous findings that amino acid substitutions in EmbB306, EmbB406 and EmbB497 are found only in MDR-TB strains but in both phenotypically resistant and sensitive strains. One ethambutol resistant non-MDR strain did not have any embB mutation suggesting that other undefined mutations can also confer ethambutol resistance.

La relación entre resistencia a etambutol y mutaciones en embB no se ha establecido claramente y no existen comunicaciones sobre la resistencia a etambutol en cepas provenientes de países Caribeños. Se evaluó la secuencia del gen embB en 57 cepas de Mycobacterium tuberculosis multi-drogo resistentes (MDR) y no-MDR, la mayoría aislada en Cuba y República Dominicana. Se encontraron mutaciones en el codón embB306 exclusivamente en cepas MDR, tanto en cepas sensibles como resistentes a etambutol. Tres cepas MDR resistentes a etambutol, sin sustituciones en embB306, tenían mutaciones en los codones embB406 o embB497, pero estos cambios se encontraron también en cepas sensibles. Los resultados confirman otros estudios, mostrando que sustituciones aminoacídicas en EmbB306, EmbB406 y EmbB497 se encuentran exclusivamente en cepas MDR, tanto resistentes como sensibles a etambutol. Encontramos una cepa no MDR resistente a etambutol sin ninguna mutación en embB, sugiriendo que otras mutaciones aún no identificadas también pueden conferir resistencia a etambutol.

Serotype distribution of pneumococci isolated from pediatric patients with acute otitis media and invasive infections, and potential coverage of pneumococcal conjugated vaccines

A 16-month prospective, descriptive study was conducted on pneumococcal serotype distribution isolated from children with acute otitis media (AÜM) and invasive infections (INV). Eighty-nine children with pneumococcal INV and 324 with a first episode of AOM were included. Bacterial pathogens (N = 326) were isolated from the middle-ear fluid of 250 patients. A total of 30 pneumococcal serotypes were identified. Prevalent serotypes were 14, 19A, 9V, 3, 19F, 6A, 23F, and 18C in AOM and 14, 1, 19A, 5, 12F, 6B, and 18C in INV. Potential coverage with PCV10 vaccine would be 46.5 % and 60.7 % for pneumococci involved in AOM and INV, respectively; it would be 71.7 % and 73 % with PCV13. PCV10, conjugated with a Haemophilus protein, would have an immunologic coverage of 39.9 % for AOM vs. 18.5 % with PCV13. However, differences in the prevention of INV were crucial for the decision to include the 13-valent vaccine in the national calendar for children less than two years old in Argentina.

Se realizó un estudio prospectivo descriptivo sobre la distribución de serotipos de neumococos aislados de niños con otitis media aguda (OMA) y con infecciones invasivas (INV) en un período de 16 meses. Se incluyeron 89 niños con INV neumocócicas y 324 con un primer episodio de OMA. Trescientos cuarenta y seis patógenos se aislaron de las secreciones de oído medio obtenidas de 250 pacientes. Se identificaron 30 serotipos y los más prevalentes fueron el 14, 19A, 9V, 3, 19F, 6A, 23F y 18C en OMA y el 14, 1, 19A, 5, 12F, 6B y 18C en INV. La cobertura potencial con la vacuna PCV10 sería de 46,5 % y 60,7 % para neumococos involucrados en OMA y en INV, respectivamente; con la PCV13, esta sería de 71,7 % y 73 %. La PCV10 conjugada con una proteína de Haemophilus tendría una cobertura inmunológica del 39,9 % para OMA, contra una cobertura del 18,5 % de la PCV13. Sin embargo, las diferencias en la prevención de INV fueron determinantes a la hora de considerar incorporarla al calendario nacional de vacunación para niños menores de 2 años en la Argentina.

Detection of reactive canines to Leptospira in Campeche City, Mexico

Leptospira reactivity in stray and household dogs in Campeche as well as associated risk factors to the seropositivity in household dogs have been herein determined. The survey included 323 dogs, 142 of which were stray dogs and 181 household dogs. Nine Leptospira interrogans serovars were tested by the microagglutination test. Reactivity was 21.3 % (69/323), 17.2 % corresponded to household dogs and 26.7 % to stray dogs. Leptospira Canicola (29 %), Leptospira Hardjo (22.58 %), and Leptospira Icterohaemorrhagiae (16.12 %) were the most common serovars reacting against the serum of household animals, while Leptospira Canicola (15.78 %), Leptospira Icterohaemorrhagiae (13.15 %), and Leptospira Pomona (7.89 %) were those reacting in stray dogs. Results showed that all dogs have been in contact with different Leptospira serovars and outdoor exposure is the main infection risk factor.

Se determinó la reactividad frente a distintos serovares de Leptospira de 142 perros callejeros y 181 perros domésticos de la ciudad de Campeche, así como los factores de riesgo asociados a la serorreactividad de los perros domésticos. Se utilizaron 9 serovares de Leptospira interrogans en la prueba de microaglutinación. La reactividad global a Leptospira fue del 21,3 % (69/323), alcanzó el 17,2 % en perros domiciliados y el 26,7 % en perros callejeros. Las serovariedades que reaccionaron a los sueros de caninos domésticos fueron Leptospira Canicola (29 %), Leptospira Hardjo (22,58 %) y Leptospira Icterohaemorrhagiae (16,12 %); las que reaccionaron a los sueros de perros callejeros fueron Leptospira Canicola (15,78 %), Leptospira Icterohaemorrhagiae (13,15 %) y Leptospira Pomona (7,89 %). Los resultados indican que todos los perros evaluados han estado en contacto con diferentes serovares de Leptospira y que la calle es el principal factor de riesgo para la infección.

Molecular detection and genotypification of Helicobacter pylori in gastric biopsies from symptomatic adult patients in Santa Fe, Argentina

Los objetivos de este trabajo fueron detectar Helicobacter pylori en biopsias gástricas de pacientes sintomáticos adultos mediante PCR, detectar la presencia del gen cagA y de las variantes alélicas de vacA, y relacionar los genotipos con los diagnósticos endoscópicos. En el 81 % (39/48) de los pacientes se detectó H. pylori mediante nested PCR para hsp60. La presencia de cagA se detectó en 15/22 de las muestras y vacA s1 - m1 fue la combinación alélica más frecuente (15/22). El diagnóstico más frecuente, gastritis, se asoció en 10/13 de los casos con el genotipo cagA+, de los cuales 9/13 presentaron la variante alélica vacA s1- m1. En 3/3 pacientes con gastritis por H. pylori con genotipo cagA' se detectó la variante vacA s2 - m2. Estos resultados son los primeros comunicados en nuestra región y aportan datos de interés epidemiológico.

Our goals were: a) to detect Helicobacter pylori in gastric biopsies of symptomatic adults by PCR, b) to detect the presence of the cagA gene as well as of the allelic variants of the vacA gene, and c) to correlate genotypes with the endoscopic diagnoses. H. pylori was detected in 81 % (39/48) of patients by nested PCR for hsp60. The presence of cagA was detected in 15/22 of samples and vacA s1 - m1 was the most frequent allelic combination (15/22). Gastritis, the most frequent diagnosis, was associated with genotype cagA+ in 10/13 of patients. In this group, 9/13 showed the allelic variant vacA s1- m1. The variant vacA s2 - m2 was detected in 3/3 of gastritis cases by H. pylori with the cagA- genotype. These results are the first reported in our region and provide data of epidemiological interest.

Bacterial isolates from respiratory samples of pediatric patients with cystic fibrosis and their distribution by ages

Se investigaron los microorganismos aislados de muestras respiratorias de 50 pacientes pediátricos con fibrosis quística. Se analizó la distribución por edades y se examinó la resistencia a los antimicrobianos, la intermitencia de los aislamientos y la presencia de coinfecciones. Se aisló Staphylococcus aureus en el 72 % de los pacientes, seguido de Pseudomonas aeruginosa (58 %), Haemophilus influenzae (56 %) y complejo Burkholderia cepacia (12 %). Encontramos baja frecuencia de aislamientos de P. aeruginosa resistentes a los antibióticos p-lactámicos (13,8 %). El 50,0 % de S. aureus fue resistente a la meticilina. El 57,1 % de H. influenzae fue resistente a la ampicilina por producción de ß-lactamasa. En niños menores de 4 años predominó S. aureus, seguido de P. aeruginosa y H. influenzae. Este orden se observó en todos los grupos etarios analizados, excepto en el de los niños de 10 a 14 años. Los aislamientos de Stenotrophomonas maltophilia y Achromobacter xylosoxidans fueron intermitentes y estuvieron acompañados por otros microorganismos. En suma, en este estudio observamos una gran variedad de especies bacterianas, lo que impone la necesidad de realizar rigurosos estudios microbiológicos en los materiales respiratorios de estos pacientes.

The bacterial isolates from respiratory samples of 50 pediatric patients with cystic fibrosis, their distribution by ages and antimicrobial resistance pattern as well as the intermittence of isolations and coinfections, were investigated. Staphylococcus aureus was isolated in 72 % of patients, followed by Pseudomonas aeruginosa (58 %), Haemophilus. influenzae (56 %), and the Burkholderia cepacia complex (12 %). The frequency of resistance of P. aeruginosa isolates to ß-lactam antibiotics was low (13.8 %). Fifty percent of S. aureus isolates was methicillin-resistant, and 57.1 % of H. influenza was ampicillin-resistant due to ß-lactamase production. In children under 4 years-old, S. aureus was predominant, followed by P. aeruginosa and H. influenzae. This order of predominance was observed in all the groups studied, except in that of children between 10 and 14 years-old. Stenotrophomonas maltophilia and Achromobacter xylosoxidans isolates were intermittent and accompanied by other microorganisms. Finally, we observed a great variety of bacterial species, which imposes stringent performance requirements for microbiological studies in all respiratory samples of these patients.

Brucella canis endocarditis: first documented case in Argentina

Se describe el primer caso documentado de endocarditis por Brucella canis en Argentina. El paciente fue un varón adulto que consultó por edemas en miembros inferiores, registros febriles aislados de 2 meses de evolución y dolor precordial opresivo que irradiaba a brazo izquierdo. Negaba contacto con animales de cría o consumo de productos sin pasteurización. Estudios cardiológicos constataron endocarditis infecciosa. Se resuelve cirugía de recambio valvular ante fracaso terapéutico empírico con cefalotina, ampicilina y gentamicina. Los hemocultivos fueron positivos (4 de 4 muestras) con bacilos gram negativos. Se realizó la identificación con técnica API 20 NE (bioMérieux), el método automatizado Phoenix (BD) y las pruebas bioquímicas convencionales, sin concluir género ni especie. Se derivó la cepa al departamento de Bacteriología Especial INEI-ANLIS "Dr. Carlos G. Malbrán" donde se identificó al aislamiento como Brucella canis. Se rotó el esquema terapéutico a doxiciclina, rifampicina y trimetoprima-sulfametoxazol con buena evolución. La importancia del caso radica en la posible falla del tratamiento antimicrobiano empírico administrado para endocarditis, ya que B. canis no responde a los antimicrobianos convencionales para esta patología.

We herein present the case of an adult male patient who consulted for lower extremity edema, a 2- month history of fever and oppressive chest pain radiating to the left arm. He referred neither contact with breeding animals nor consumption of unpasteurized dairy products. A diagnosis of endocarditis was confirmed by cardiac studies. Since the empirical treatment with cephalotin, ampicillin and gentamicin failed, the patient underwent aortic valve replacement. A total of four blood cultures were positive with a gram-negative rod. Bacterial identification was performed using the API 20 NE technique (bioMerieux), the Phoenix automated method (BD) and conventional biochemical tests which were unable to classify the isolate as to genus and species. The strain was sent to the INEI-ANLIS "Dr. Carlos G. Malbran" where it was identified as Brucella canis. The antimicrobial treatment was switched to doxycycline, rifampicin and trimethoprim-sulfamethoxazole with good evolution of the patient. The clinical significance of this case report lies in the possible failure of the empiric antibiotic therapy administered for endocarditis, since B. canis did not respond to the conventional antimicrobial treatment for this pathology.

Identificación de Neisseria gonorrhoeae: utilidad de la tarjeta 2 NH del sistema Vitek 2C

Por medio de la tarjeta NH del sistema Vitek 2C (bioMérieux, Marcy L'Etoile, Francia) se ensayó un total de 115 aislamientos clínicos únicos de Neisseria gonorrhoeae y 54 cepas de otros géneros y especies incluidas en la base de datos de esta tarjeta. Los aislamientos de gonococos fueron identificados previamente por medio de pruebas bioquímicas convencionales y por aglutinación con partículas de látex y anticuerpos monoclonales usando el Phadebact Monoclonal GC Test (Bactus AB, Suecia). La tarjeta NH identificó correctamente a 111 (96,5 %) de las cepas; una (0,86 %) cepa fue identificada con bajo poder de discriminación, una (0,86 %) fue identificada erróneamente como N. meningitidis y 2 (1,7 %) no fueron identificadas. La especificidad en la identificación de N. gonorrhoeae fue del 100 %. Los resultados fueron obtenidos dentro de las 6 horas. La tarjeta NH puede ser considerada como una herramienta útil y confiable para la identificación rutinaria de N. gonorrhoeae.

A total of 115 unique clinical isolates of Neisseria gonorrhoeae and 54 strains of other genera and species included in the database of the NH card were tested by the Vitek 2C System (bioMérieux, Marcy L'Etoile, Francia). The gonoccocal isolates had been previously identified by conventional biochemical tests and by the latex agglutination test with monoclonal antibodies using the Phadebact Monoclonal GC Test (Bactus AB, Sweeden). The NH card correctly identified 111 (96.5 %) strains of 115 isolates; one strain was identified with low discriminatory power (0.86 %), one (0.86 %) was misidentified (as Neisseria meningitidis) whereas the other two (1.7 %) remained unidentified. The NH card for N. gonorrhoeae identification provided 100 % specificity. The results were available within 6 hours. The NH card could be considered a reliable and useful tool for routine use in Neisseria gonorrhoeae identification.

Antimicrobial susceptibility profile of Pseudomonas spp. isolated from a swine slaughterhouse in Dourados, Mato Grosso do Sul State, Brazil

The present work sought to detect the presence of Pseudomonas spp. at different stages of an effluent treatment plant using the Australian system of stabilization ponds, and to determine the susceptibility of those isolates to different antimicrobials. Thirty-four isolates of Pseudomonas spp. derived from effluent treatment station water samples were collected near the transfer ducts between the ponds in November/2008 and December/2009. Among the Pseudomonas spp. isolates, 47.05 % showed susceptibility to all antimicrobials tested, 20.58 % were resistant to cefepime, and 24 % showed intermediate resistance to streptomycin. No Pseudomonas spp. isolates were found in the final pond, or in post-treatment effluents. The Pseudomonas spp. isolates did not exhibit multiresistance to the antimicrobials tested.

El objetivo del presente estudio fue detectar la presencia de Pseudomonas spp. y establecer el perfil de sensibilidad a los antimicrobianos de los aislamientos obtenidos en diferentes etapas de tratamiento, en una planta de tratamiento de aguas residuales que utiliza el sistema australiano de lagunas de estabilización. Entre los meses de noviembre de 2008 y diciembre de 2009 se aislaron 34 Pseudomonas spp. de 80 muestras de agua recogidas cerca del conducto de transferencia de cada estanque. Entre los aislamientos de Pseudomonas spp., el 47,05 % fueron sensibles a todos los antibióticos, el 20,58 % fueron resistentes a cefepime y el 24 % tuvo resistencia intermedia a estreptomicina. No se encontró Pseudomonas spp. en la última laguna ni en el efluente después del tratamiento. Entre los aislamientos de Pseudomonas spp. recuperados no se detectó multirresistencia a los antibióticos evaluados.

Soft tissue infection by probable community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus