Scielo RSS <![CDATA[Revista argentina de microbiología]]> http://www.scielo.org.ar/rss.php?pid=0325-754120090001&lang=es vol. 41 num. 1 lang. es <![CDATA[SciELO Logo]]> http://www.scielo.org.ar/img/en/fbpelogp.gif http://www.scielo.org.ar <![CDATA[Círculo vicioso vs. círculo virtuoso: cómo mantener a la RAM en el SCIE]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100001&lng=es&nrm=iso&tlng=es <![CDATA[Caracterización del gen de la citotoxina vacuolizante de Helicobacter pylori a partir de biopsias gástricas de pacientes residentes en Tolima, Colombia]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100002&lng=es&nrm=iso&tlng=es Helicobacter pylori es una bacteria que coloniza la mucosa gástrica de los humanos. Este microorganismo produce una citotoxina vacuolizante conocida como VacA y codificada por el gen vacA, el que se considera un factor de virulencia importante. Las cepas de H. pylori con diferentes alelos de vacA exhiben una gran variedad de fenotipos, algunos de los cuales han sido asociados con enfermedades gastroduodenales. El presente estudio pretende aportar datos sobre la prevalencia de H. pylori y de los genotipos de vacA en pacientes residentes en Tolima (Colombia), así como determinar la relación entre estos datos y el desarrollo de diferentes patologías gastroduodenales. Se incluyeron en este análisis 73 pacientes con diferentes patologías gástricas. Con el ADN total extraído de cada biopsia, se determinó la presencia de la bacteria mediante la amplificación de un fragmento específico del gen 16S ADNr. También se realizó la genotipificación del gen vacA por PCR. De las 50 muestras genotipificadas, el 52% mostró el alelo vacA s1m1, el 42% el alelo vacA s2m2, el 4% el s1m2 y el 2% los alelos s1,s2,m1,m2. Se evidenció una mayor sensibilidad en la detección de H. pylori por medio del gen vacA que por el gen 16S ADNr. En la población evaluada no se encontró asociación entre el genotipo de vacA y la presencia de las distintas patologías incluidas en este estudio.<hr/>Helicobacter pylori successfully colonizes the gastric niche. These bacteria produce a vacuolating cytotoxin known as VacA, which is codified by the vacA gene. This protein represents an important virulence factor. H. pylori strains have different vacA alleles, which show a variety of phenotypes that have been associated with gastrointestinal diseases. The aim of this study was to generate data about the prevalence of H. pylori and the vacA genotype in Tolima (Colombia) residents, and to evaluate if there exists a relationship between these data and the development of different gastrointestinal pathologies. Seventy three patients with different pathologies were included. The DNA extracted from biopsy specimens was analyzed and the presence of bacteria was determined by amplifying a fragment of the 16 rDNA gene. The vacA genotype was also determined by PCR. Fifty-two percent out of the 50 genotyped samples showed vacA s1m1 allele, 42% vacA s2m2, 4% s1m2, and 2% s1,s2,m1,m2. A higher sensitivity for the detection of H. pylori was evidenced by amplifying the vacA gene rather than the 16S rDNA gene. No association was found between the vacA genotype and the gastrointestinal diseases included in the study. <![CDATA[Caracterización de aislamientos de Vibrio cholerae no-O1, no-O139 asociados a cuadros de diarrea]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100003&lng=es&nrm=iso&tlng=es La infección por Vibrio cholerae, el agente causal del cólera, se trasmite al hombre por ingestión de agua y alimentos contaminados. Aunque son los serogrupos O1 y O139 los que habitualmente se asocian al cólera epidémico, los aislamientos de otros serogrupos también son causales de gastroenteritis e infecciones extra-intestinales. Durante el período 2003-2005, se investigó la presencia de V. cholerae en la materia fecal de niños con diarrea atendidos en el Hospital del Niño Jesús, Tucumán. Se recuperaron 34 aislamientos de V. cholerae no-O1, no-O139. Se determinaron sus perfiles de virulencia por PCR, la sensibilidad a los antimicrobianos y la diversidad genética por electroforesis en campo pulsado. Se obtuvieron ocho perfiles de virulencia, aunque ningún aislamiento fue positivo para la toxina colérica ni para la toxina termoestable. Cuatro aislamientos fueron positivos para el sistema de secreción de tipo tres. El 17,6% de los aislamientos fueron resistentes o de sensibilidad intermedia a ampicilina y el 5,9% fueron resistentes a trimetoprima-sulfametoxazol. Los aislamientos resultaron muy diversos: se hallaron 27 patrones distintos en 29 aislamientos tipificables por electroforesis en campo pulsado. A pesar de su baja incidencia, V. cholerae continúa siendo un agente causal de diarrea en niños, los que se ven afectados por una amplia variedad de cepas circulantes.<hr/>Vibrio cholerae, etiologic agent of cholera, is transmitted to humans by ingestion of contaminated food or water. Even though serogroups O1 and O139 are the ones usually associated to epidemic cholera, isolates from other serogroups also cause gastroenteritis and extraintestinal infections. During the period 2003-2005, presence of V. cholerae in stools was investigated in children with diarrhea that seaked assistance at the Niño Jesús Hospital in Tucumán. Thirty four isolates of V. cholerae non-O1, non-O139 were recovered. We characterized the isolates studying its virulence factors by PCR, antimicrobial susceptibility patterns and genetic diversity by pulsed-field gel electrophoresis. Eight virulence patterns were obtained although no isolate was positive for the cholera toxin or the thermostable toxin. Four isolates were positive for the type three secretion system. The 17.6% of the isolates were resistant or intermediate to ampicillin and 5.9% were resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole. By SfiI-PFGE, all isolates were genetically very diverse, as 27 different patterns were identified in 29 typeable isolates by pulsed-field gel electrophoresis. Although it has a low incidence, V. cholerae continues to be a causative agent of diarrhea in children, who are affected by a variety of circulating strains of V. cholerae non-O1, non-O139. <![CDATA[Diagnóstico molecular de histoplasmosis humana en muestras de sangre entera]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100004&lng=es&nrm=iso&tlng=es Se evaluó el uso de sangre entera para el diagnóstico molecular de histoplasmosis utilizando un método artesanal de extracción de ADN fúngico y una PCR anidada que amplifica una porción del gen HcP100 específica de Histoplasma capsulatum. La sangre entera se trató con liticasa, enzima lisante de Trichoderma harzianum y proteinasa K, seguido de una extracción fenólica. Este tratamiento permitió una lisis completa de las células, mostró buen rendimiento en la obtención de ADN y posibilitó la detección de la banda de 210 pb específica de H. capsulatum en la PCR anidada. El límite de detección fue de 0,25-1 levaduras/ml de sangre. El método se evaluó en 31 muestras de sangre de 19 pacientes con diagnóstico microbiológico de histoplasmosis, en 21 muestras de pacientes con otras micosis o infecciones por micobacterias y en 30 controles sanos. La PCR fue positiva en sangre para 17/19 pacientes con histoplasmosis (14/15 inmunocomprometidos y 3/4 sin inmunocompromiso aparente). Las muestras de sangre de los 30 controles sanos y de 20 pacientes con otras patologías fueron negativas, sólo hubo un falso positivo correspondiente a un paciente con infección por Mycobacterium avium-intracellulare. El método presentó 89% de sensibilidad y 96% de especificidad para el diagnóstico de histoplasmosis en sangre entera.<hr/>To assess the value of using whole blood samples for the molecular diagnosis of histoplasmosis, we applied an in-house DNA extraction method and a nested PCR targeting a 210 bp specific segment of the Histoplasma capsulatum HcP100 gene. A whole blood volume of 2.5-3 milliliters was centrifuged and the cellular pellet was treated with Trichoderma harzianum lyticase and proteinase K prior to applying a conventional phenol DNA extraction. This procedure allowed complete cell lysis, high DNA yield and specific amplification. The PCR detection limit was 0.25-1 yeast cells/ml of blood sample. The method was assessed on 31 blood samples from 19 patients with microbiological diagnosis of histoplasmosis, 30 healthy persons and 21 patients with other mycoses or mycobacterial diseases. Positive results were obtained in samples from 17/19 patients with histoplasmosis (14/15 immunocompromised and 3/4 without known immunological disorder). Blood samples from the 30 healthy controls and 20 patients with other conditions proved negative; the only false positive result was obtained from a patient with Mycobacterium avium-intracellulare infection. With 89% sensitivity and 98% specificity, this molecular method for detection of the agent in blood shows promising for the rapid diagnosis of human histoplasmosis. <![CDATA[Esporotricosis en un gato doméstico]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100005&lng=es&nrm=iso&tlng=es Se evaluó el uso de sangre entera para el diagnóstico molecular de histoplasmosis utilizando un método artesanal de extracción de ADN fúngico y una PCR anidada que amplifica una porción del gen HcP100 específica de Histoplasma capsulatum. La sangre entera se trató con liticasa, enzima lisante de Trichoderma harzianum y proteinasa K, seguido de una extracción fenólica. Este tratamiento permitió una lisis completa de las células, mostró buen rendimiento en la obtención de ADN y posibilitó la detección de la banda de 210 pb específica de H. capsulatum en la PCR anidada. El límite de detección fue de 0,25-1 levaduras/ml de sangre. El método se evaluó en 31 muestras de sangre de 19 pacientes con diagnóstico microbiológico de histoplasmosis, en 21 muestras de pacientes con otras micosis o infecciones por micobacterias y en 30 controles sanos. La PCR fue positiva en sangre para 17/19 pacientes con histoplasmosis (14/15 inmunocomprometidos y 3/4 sin inmunocompromiso aparente). Las muestras de sangre de los 30 controles sanos y de 20 pacientes con otras patologías fueron negativas, sólo hubo un falso positivo correspondiente a un paciente con infección por Mycobacterium avium-intracellulare. El método presentó 89% de sensibilidad y 96% de especificidad para el diagnóstico de histoplasmosis en sangre entera.<hr/>To assess the value of using whole blood samples for the molecular diagnosis of histoplasmosis, we applied an in-house DNA extraction method and a nested PCR targeting a 210 bp specific segment of the Histoplasma capsulatum HcP100 gene. A whole blood volume of 2.5-3 milliliters was centrifuged and the cellular pellet was treated with Trichoderma harzianum lyticase and proteinase K prior to applying a conventional phenol DNA extraction. This procedure allowed complete cell lysis, high DNA yield and specific amplification. The PCR detection limit was 0.25-1 yeast cells/ml of blood sample. The method was assessed on 31 blood samples from 19 patients with microbiological diagnosis of histoplasmosis, 30 healthy persons and 21 patients with other mycoses or mycobacterial diseases. Positive results were obtained in samples from 17/19 patients with histoplasmosis (14/15 immunocompromised and 3/4 without known immunological disorder). Blood samples from the 30 healthy controls and 20 patients with other conditions proved negative; the only false positive result was obtained from a patient with Mycobacterium avium-intracellulare infection. With 89% sensitivity and 98% specificity, this molecular method for detection of the agent in blood shows promising for the rapid diagnosis of human histoplasmosis. <![CDATA[Toxocara canis bajo la lupa]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100006&lng=es&nrm=iso&tlng=es Se evaluó el uso de sangre entera para el diagnóstico molecular de histoplasmosis utilizando un método artesanal de extracción de ADN fúngico y una PCR anidada que amplifica una porción del gen HcP100 específica de Histoplasma capsulatum. La sangre entera se trató con liticasa, enzima lisante de Trichoderma harzianum y proteinasa K, seguido de una extracción fenólica. Este tratamiento permitió una lisis completa de las células, mostró buen rendimiento en la obtención de ADN y posibilitó la detección de la banda de 210 pb específica de H. capsulatum en la PCR anidada. El límite de detección fue de 0,25-1 levaduras/ml de sangre. El método se evaluó en 31 muestras de sangre de 19 pacientes con diagnóstico microbiológico de histoplasmosis, en 21 muestras de pacientes con otras micosis o infecciones por micobacterias y en 30 controles sanos. La PCR fue positiva en sangre para 17/19 pacientes con histoplasmosis (14/15 inmunocomprometidos y 3/4 sin inmunocompromiso aparente). Las muestras de sangre de los 30 controles sanos y de 20 pacientes con otras patologías fueron negativas, sólo hubo un falso positivo correspondiente a un paciente con infección por Mycobacterium avium-intracellulare. El método presentó 89% de sensibilidad y 96% de especificidad para el diagnóstico de histoplasmosis en sangre entera.<hr/>To assess the value of using whole blood samples for the molecular diagnosis of histoplasmosis, we applied an in-house DNA extraction method and a nested PCR targeting a 210 bp specific segment of the Histoplasma capsulatum HcP100 gene. A whole blood volume of 2.5-3 milliliters was centrifuged and the cellular pellet was treated with Trichoderma harzianum lyticase and proteinase K prior to applying a conventional phenol DNA extraction. This procedure allowed complete cell lysis, high DNA yield and specific amplification. The PCR detection limit was 0.25-1 yeast cells/ml of blood sample. The method was assessed on 31 blood samples from 19 patients with microbiological diagnosis of histoplasmosis, 30 healthy persons and 21 patients with other mycoses or mycobacterial diseases. Positive results were obtained in samples from 17/19 patients with histoplasmosis (14/15 immunocompromised and 3/4 without known immunological disorder). Blood samples from the 30 healthy controls and 20 patients with other conditions proved negative; the only false positive result was obtained from a patient with Mycobacterium avium-intracellulare infection. With 89% sensitivity and 98% specificity, this molecular method for detection of the agent in blood shows promising for the rapid diagnosis of human histoplasmosis. <![CDATA[Prevalencia de los genes mef y ermB en aislamientos invasivos de Streptococcus pneumoniae resistentes a eritromicina recuperados de pacientes pediátricos en Argentina]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100007&lng=es&nrm=iso&tlng=es During the period 1993-2001, a total of 1,499 pneumococci isolates were recovered through the Argentinean surveillance of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in children under 6 years of age, 3.5% of which were erythromycin resistant. Among the 50 erythromycin-resistant strains available, 58% (n=29) harbored mefA/E genes (15 mefA, 30%; and 14 mefE, 28%), 34% (n=17) ermB, and 6% (n=3) both mefA/E plus ermB genes, while one isolate was negative for all the acquired genes studied. The England14-9 (42%), Poland6B-20 (20%) and Spain9v-3 (16%) clones were responsible for the emergence of pneumococcal macrolide resistance in pediatric population from Argentina.<hr/>En el marco del programa de vigilancia regional SIREVA, se analizaron 1499 aislamientos de Streptococcus pneumoniae causantes de enfermedad invasiva en menores de 6 años, recuperados entre 1993 y 2001. Se detectó un 3,5% de resistencia a eritromicina. De los 50 aislamientos resistentes a eritromicina que pudieron ser estudiados, el 58% (n=29) tenían los genes mefA/E (15 mefA, 30% y 14 mefE, 28%), el 34% (n=17) el gen ermB y el 6% (n=3) la combinación de genes mefA/E y ermB. Sólo un aislamiento fue negativo para todos los genes analizados. Los clones internacionales England14-9, Poland6B-20 y Spain9v-3 representaron el 78% del total de aislamientos resistentes (42, 20 y 16%, respectivamente) y se consideraron los responsables de la emergencia de la resistencia a macrólidos entre los neumococos que afectan a la población pediátrica de Argentina. <![CDATA[Uso de linezolid para el tratamiento de recién nacidos con infecciones por Enterococcus faecium resistentes a la vancomicina]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100008&lng=es&nrm=iso&tlng=es Se presentan pacientes internados en el Servicio de Neonatología del Hospital de Pediatría "Prof. Dr. Juan P. Garrahan" tratados con linezolid por infecciones por Enterococcus faecium resistentes a vancomicina. El linezolid mostró buena eficacia clínica y seguridad en este grupo etáreo.<hr/>Five patients hospitalized in the neonatal unit between 2002 and 2007, infected with vancomycin-resistant Enterococcus faecium treated with linezolid are presented in this study. This antibiotic showed good clinical efficacy and safety, since no adverse events occured in this group of patients. <![CDATA[Alteraciones de crecimiento y ramificación en Neurospora crassa provocadas por concentraciones subinhibitorias de agentes antimicóticos]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100009&lng=es&nrm=iso&tlng=es Six antifungal agents at subinhibitory concentrations were used for investigating their ability to affect the growth and branching in Neurospora crassa. Among the antifungals herein used, the azole agent ketoconazole at 0.5 μg/ml inhibited radial growth more than fluconazole at 5.0 μg/ml while amphotericin B at 0.05 μg/ml was more effective than nystatin at 0.05 μg/ml. Morphological alterations in hyphae were observed in the presence of griseofulvin, ketoconazole and terbinafine at the established concentrations. The antifungal agents were more effective on vegetative growth than on conidial germination. Terbinafine markedly reduced growth unit length (GU) by 54.89%, and caused mycelia to become hyperbranched. In all cases, there was a high correlation between hyphal length and number of tips (r > 0.9). All our results showed highly significant differences by ANOVA, (p < 0.001, α = 0.05). Considering that the hyphal tip is the main interface between the fungus and its environment /through which enzymes and toxins are secreted and nutrients absorbed, it would not be desirable to obtain a hyperbranched mycelia with inefficient doses of antifungal drugs.<hr/>Se investigó el efecto de seis agentes antimicóticos en concentraciones subinhibitorias sobre el crecimiento y la ramificación en Neurospora crassa. El agente azólico ketoconazol a la concentración de 0,5 μg/ml inhibió el crecimiento radial más que el fluconazol a 5,0 μg/ml, y la anfotericina B a 0,05 μg/ ml fue más eficiente que 0,05 μg/ml de nistatina, entre los agentes poliénicos usados. En presencia de griseofulvina, ketoconazol y terbinafina a las concentraciones establecidas se observaron alteraciones morfológicas en las hifas. Los agentes antimicóticos fueron más eficientes sobre el crecimiento vegetativo que sobre la germinación conidial. La terbinafina redujo marcadamente (54,89%) la longitud de la unidad de crecimiento y provocó la hiperramificación del micelio. En todos los casos, existió gran correlación entre la longitud y el número de ápices de las hifas (r > 0,9). Todos los resultados mostraron diferencias altamente significativas de acuerdo con ANOVA (p < 0,001, α = 0,05). Considerando que el ápice de la hifa es la principal interfase entre el hongo y su ambiente, a través de la cual las enzimas y las toxinas son secretadas y los nutrientes son absorbidos, un micelio hiperramificado resultante de dosis ineficientes de agentes antimicóticos sería perjudicial. <![CDATA[Micobacteriófagos como herramientas versátiles para la manipulación genética y el desarrollo de métodos simples para el diagnóstico de enfermedades micobacterianas]]> http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412009000100010&lng=es&nrm=iso&tlng=es Tuberculosis, caused by Mycobacterium tuberculosis, is responsible for over two million deaths per year worldwide. Due to its long doubling time (18 h), the microbiological detection of M. tuberculosis by conventional methods takes up to one month, unless the number of bacilli in the biological sample is high enough. Thus, drug resistance assessment requires at least one month for obtaining the primary culture and another month to determine its susceptibility to antimycobacterial drugs. Moreover, for a long time, the lack of genetic tools for mycobacteria has been a barrier for undertaking studies aimed at understanding the mechanisms of drug resistance and drug target identification, being all these topics of utmost importance considering the increase in the number of drug-resistant clones and the few therapeutic options available. Mycobacteriophages are promising as a novel source of genetic elements for mycobacteria manipulation, as well as for the development of versatile, simple, fast and cheap methods for drug resistance assessment of M. tuberculosis clinical isolates. We herein describe the background related to the use of mycobacteriophages, with emphasis placed on their utilization for drug resistance analysis in our country.<hr/>La tuberculosis, enfermedad causada por el bacilo Mycobacterium tuberculosis, es responsable de más de dos millones de muertes anuales en el mundo. Debido a su largo tiempo de duplicación (18 h), la detección bacteriológica de M. tuberculosis por métodos convencionales necesita de un mes o aun más, a menos que el número de bacilos en la muestra clínica sea suficientemente alto. Por consiguiente, se necesita un mínimo de dos meses para determinar la resistencia de este microorganismo a las drogas antituberculosas: uno para obtener el cultivo primario y otro para ensayar la sensibilidad frente a aquellas. La falta de herramientas para la manipulación genética de micobacterias ha dificultado la identificación de los blancos de acción de las drogas y el estudio de los mecanismos de resistencia a éstas, tópicos de la mayor relevancia dado el aumento mundial del número de aislamientos clínicos multirresistentes y las pocas opciones terapéuticas disponibles. Los micobacteriófagos son considerados nuevas herramientas para la manipulación de las micobacterias, así como para el desarrollo de métodos simples, rápidos y económicos para determinar la sensibilidad a drogas de los aislamientos clínicos de M. tuberculosis. En esta revisión se describen los antecedentes del uso de micobacteriófagos con énfasis en su utilización para el análisis de resistencia a drogas antituberculosas en nuestro país.