COMUNICACIONES LIBRES

Genómica y Bioinformática

 

---

GBIO 1

CARACTERIZACIÓN DEL PROMOTOR DEL TNF-ALFA EN Sapajus cay (Cebus libidinosus = Cebus apella paraguayanus)

Sanchez Fernandez C¹, I Badano¹, M Kowalewski², DJ Sanabria¹, M Rinas³, DJ Liotta¹. ¹Laboratorio de Biología Molecular Aplicada. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Universidad Nacional de Misiones, ²Estacion Biológica Corrientes (MACN-CONICET), ³Parque Ecológico "El Puma" (Candelaria), Ministerio de Ecología, Recursos Naturales Renovables y Turismo (MERNRyT) de Misiones. e-mail: inesbadano@gmail.com

El Factor de Necrosis Tumoral alfa (TNFa) es una citoquina pro-infamatoria que juega un rol central en la respuesta inmune de los primates. Los niveles de expresión del gen se encuentran regulados a través de un promotor que se extiende 1,2Kb río arriba del sitio de inicio de la transcripción. Esta región genética se encuentra bien caracterizada en humanos, pero se desconoce su secuencia en primates neotropicales de Argentina y Paraguay. El objetivo de este trabajo fue caracterizar el promotor del TNFa en ejemplares de la especie Sapajus cay (Cebus libidinosus = Cebus apella paraguayanus) mantenidos en cautiverio en el Parque Ecológico el Puma, Misiones. Se analizaron 14 muestras de ADN genómico total. Las secuencias promotoras fueron obtenidas mediante PCR y secuenciación. Se obtuvieron fragmentos de 600 pb. en 4 muestras. El análisis de secuencia indicó: (i) ausencia de variabilidad intra-especifca; (ii) 62 sitios variables respecto del promotor de Homo sapiens (GenBanK: NG_012010) destacándose 2 transiciones ubicadas en el motivo de unión del Factor de Transcripción Sp1, proteína involucrada en la activación del gen del TNF-a. Esta variabilidad inter-específca podría ser relevante para los niveles de expresión génica y por tanto para la susceptibilidad a enfermedades. Estos resultados constituyen el primer reporte de secuencias de primates neotropicales de la Argentina y Paraguay y permite generar datos primarios que podrán ser útiles en estudios de genética comparada y evolución del sistema inmune. Financiamiento: CEDIT-Gobierno de Misiones.

 

GBIO 2

CLONAGEM E CARACTERIZACAO DA REGIÁO IIS6 DO GENE DO CANAL DE SÓDIO EM POPULAÇÓES DE Anopheles darlingi

Silva APB¹, WP Tadei¹², AJ Martins³, D Valle³, M Jacobs-Lorena⁴, JMM Santos¹².

¹Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia,
²Universidade do Estado do Amazonas,
³Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, ⁴Johns Hopkins Malaria Institute. e-mail: anna@inpa.gov.br

O canal de sódio regulado por voltagem (Na) é um sistema transmembrana responsável pela transmissáo de impulsos nervosos. É formado por 4 domínios homólogos (I-IV), cada um dos quais apresentando 6 segmentos hidrofóbicos (S1-S6). Ele é o principal alvo dos inseticidas piretróides usados para controlar mosquitos adultos, tais como Anopheles darlingi, o principal vetor da malária na região amazônica. No entanto, o seu uso intensivo tem favorecido o desenvolvimento de resistência em muitos insetos de importância médica, agrícola e veterinária ao redor do mundo. Essa resistência, conhecida como knockdown resistance (kdr), ocorre por urna mutacáo pontual que modifca o canal, não permitindo a correta ligação entre este e a molécula do inseticida, sendo um fator limitante nos programas de controle de vetores. Por isso, esse trabalho teve como objetivo clonar e caracterizar a região IIS6 do gene do canal de sódio em A. darlingi (AdNa ), visando a detecção de mutações tipo kdr. Populações naturais de Manaus e Coari foram coletadas, tiveram seu DNA extraído, amplifcado e seqüenciado. O fragmento isolado apresentou 200pb, oriundo de 192 clones de boa qualidade, homólogo a região IIS6 do gene Na de outros anofelinos, presentes no GenBank. A análise do AdNa revelou 23 sítios polimórfcos, com 10 substituicóes sinónimas nos exons e 13 no intron. Ocorreram 13 transições, 9 transversões e 2 deleções. No entanto, não foram detectados haplótipos tipo kdr, mas sua ocorrência é permissível uma vez que o códon do sítio 1014 é similar ao das demais espécies que apresentam a mutação.

 

GBIO 3

USE OF THE SYSTEMS BIOLOGY TO STUDY OF STATINS AS COMPOUNDS OF CELLULAR ANTI-AGING

Suhre T, PRD Picolotto, JE Vargas, D Bonatto.

Department of Molecular Biology and Biotechnology, Laboratory of Molecular Radiobiology-Universidade Federal de Rio Grande do Sul-Porto Alegre-RS.

e-mail: tais.suhre@ufrgs.br

Chronic infammation has been identifed as a pathogenic factor in aging process that is highly associated with the occurrence of several chronic diseases. Interestingly, statins are lipid-lowering agents that act by inhibiting the HMG-CoA reductase, a key enzyme in cholesterol synthesis. However, pleiotropic effects of statins, such as anti-infammatory and anti-aging properties, have been related but not clearly described. Thus, in order we pretend to elucidate the link between statins and theirs anti-aging proprieties by topological analysis of human networks. To aim this objective, we generated networks of interactions based in data miming of literature between the statins and proteins associated to infammatory pathways. Proteomic database STITCH 3 (http://stitch.embl.de/) and STRING 9.0 (http://string.embl.de) were used. The networks generated were analyzed using the program Cytoscape 2.7, and MCODE software to modular analyses. Main biological processes (gene ontology) associated to network were determined by BINGO software. The results indicated that statins act in several cellular processes related to aging, such as in infammatory and stress caused by free radicals and response to radiation. Through these results, we generated an hypothetical model showing the anti-aging mechanism of action of statins in human cells.

 

GBIO 4

CARACTERIZACIÓN DE ELEMENTOS TRANSPONIBLES EN Eragrostis curvula

Romero JR¹, I Garbus¹, D Zappacosta^1,2, V Echenique^1,2. ¹CERZOS (CONICET), CCT Bahía Blanca, Camino de la Carrindanga Km 7, 8000 Bahía Blanca, Buenos Aires, Argentina, ²Departamento de Agronomía (Universidad Nacional del Sur). e-mail: echeniq@criba.edu.ar

Los elementos transponibles (TEs) son fragmentos de ADN que pueden movilizarse y constituyen entre el 50-80% del genoma de las gramíneas. La transposición puede causar mutaciones y producir modifcaciones del ADN, ya sea por arrastre de un gen a otro cromosoma o interrumpiendo su secuencia, y ocurre más activamente en situaciones de estrés. Nuestro grupo de trabajo los ha encontrado diferencialmente expresados en relación a la ploidía y modo reproductivo en E. curvula aunque hasta el momento no se ha realizado una caracterización sistemática de estos elementos. El objetivo de este trabajo fue realizar una caracterización cuali y cuantitativa de TEs en genotecas de ESTs de inforescencias y hojas. Los retrotransposones representaron un porcentaje del total de unigenes del 1,74% mientras que los transposones 0,23%.

Las familias más representadas de los primeros fueron Gypsy y Copia y de los segundos, Harbinger y Helitrons. A fn de realizar comparaciones con otras gramíneas se confeccionó una base de datos de unigenes de Poaceas (E. curvula, T. aestivum, O. sativa y Z. mays), encontrándose una representación similar. Los genes interrumpidos por estos elementos correspondieron a proteínas hipotéticas, proteínas A20/An1 con dominios dedos de Zinc (conferen resistencia al estrés abiótico), proteínas NBS-LRR (conferen resistencia a estreses bióticos) y proteínas y enzimas relacionadas con calidad nutricional de semillas y las vías de síntesis de carotenoides.

 

GBIO 5

CARACTERIZACIÓN DEL GEN ZDS EN TRIGO CANDEAL EN MATERIALES CONTRASTANTES EN EL CONTENIDO DE PIGMENTOS CAROTENOIDES

Camargo-Acosta E¹, I Garbus^1,2, P Roncallo^1,2, A Díaz^1,2, V Echenique^1,2. ¹CERZOS (CONICET), CCT Bahía Blanca, Camino de la Carrindanga Km 7, 8000 Bahía Blanca, Buenos Aires, ²UNS (Universidad Nacional del Sur). e-mail: ecamargo@criba.edu.ar

El trigo candeal es la materia prima para la producción de pastas. Un carácter de calidad importante es el color amarillo de su sémola, dado principalmente por el contenido de pigmentos carotenoides en el grano (CPCG). Este carácter es de tipo cuantitativo, altamente heredable, poligénico y su expresión depende de la interacción genotipo-ambiente. Hemos investigado alelos del gen de la enzima Zeta Caroteno Desaturasa (Zds) de la ruta de biosíntesis de carotenoides en cuatro genotipos contrastantes para el CPCG (Kofa y B.Topacio vs UC1113 y B.I.Cumenay). Para ello, fueron diseñados cebadores basados en un EST de Zds de trigo pan (FJ169496.1) con los que se amplifcaron secuencias en los cuatro materiales, que fueron clonadas y secuenciadas. Usando los cebadores ZDS3F/3R se obtuvieron cuatro clones que correspondieron a una única secuencia de 1009 pb, constituida por dos intrones y tres exones, con 96% de identidad con los alelos ZDSA1 y ZDS D1 de trigo pan y una inserción de 230 bp con respecto al primero. Los 16 clones obtenidos con los cebadores ZDS4F/5R generaron una secuencia de 1368pb, formada por tres intrones y cuatro exones con 99% identidad con ZDSA1 y 98% con ZDSD1 y una deleción de 235 bp con respecto a ZDSD1. Estos resultados sugieren la existencia de un único alelo en los materiales de candeal analizados. Las deleciones/inserciones y la menor identidad con zdsA1 y zdsD1 de la secuencia obtenida con ZDS3F/3R que la observada entre zdsA1 y zdsD1, sugieren que la secuencia identifcada no correspondería al genoma A, sino probablemente al B de trigo candeal.

 

GBIO 6

TIPIFICACIÓN MOLECULAR DE Cryptosporidium SP. EN TERNEROS DE LA PROVINCIA DE BUENOS AIRES

Maidana J¹, M Dominguez¹, E Louge Uriarte², C Garro¹, L Schnittger^1,3. ¹Instituto de Patobiologia, INTA-Castelar, Buenos Aires, Argentina, ²EEA-INTA Balcarce, Ruta 226 Km 73,5, Buenos Aires, Argentina, ³CONICET, Argentina. e-mail: lschnittger@cnia.inta.gov.ar

Las infecciones por Cryptosporidium sp. son una importante causa de diarrea neonatal en bovinos y afectan también al hombre siendo transmitidas por el agua y los alimentos. Son por lo tanto de importancia para la ganadería y para la salud pública. El objetivo de este estudio fue la identifcación molecular de la especie y genotipo de aislamientos (n=18) de Cryptosporidium sp., obtenidos de materia fecal de terneros de 5 a 30 días provenientes de tambos de la provincia de Buenos Aires. Luego de la verifcación de la presencia de ooquistes por tinción de Ziehl Neelsen, se extrajo el ADN de las muestras y se llevó a cabo la identifcación molecular del patógeno mediante amplifcación por PCR y secuenciación de una región hipervariable del gen 18S ARNr, seguido de búsquedas por BLAST; observación de la presencia de huellas genéticas características y RFLP. Se halló que en todos los casos el agente infeccioso fue C. parvum, genotipo bovino. Por otra parte, se realizó un análisis de subgenotipifcación mediante amplifcación por PCR y secuenciación de una región polimórfca del gen gp60, seguido de análisis de las secuencias junto con subgenotipos de referencia de C. parvum mediante Neighbor Joining. Se hallaron 10 alelos diferentes, la mayoría de los cuales pertenecen a la familia IIa, que es predominante a nivel mundial. Sin embargo, la frecuencia hallada entre los miembros de esta familia fue muy diferente a las reportadas para diversos países del Hemisferio Norte, y el alelo más frecuente así como otros 5 no han sido previamente descriptos. Financiado por INTA (AESA-203992).

 

GBI0 7

LAPOGEDB: BANCO DE DADOS BIOLÓGICOS PARA ESTUDOS DE GENÉTICA EPIDEMIOLÓGICA

Debortoli G, YCN Muniz, AR Marrero, IR Souza. LAPOGE CCB BEG Universidade Federal de Santa Catarina. e-mail: g.dbortoli@gmail.com

Com o crescente volume de informações acerca da variabilidade humana, a busca por uma correta adequação e anotação dos dados gerados tem implicado em constantes atualizações metodológicas. Desde sua implementação em 1994, o Laboratório de Polimorfsmos Genéticos da Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil (LAPOGE UFSC) coleta amostras biológicas (sangue) e dados epidemiológicos (questionários), contando atualmente com 1200 amostras da população geral e mais 1200 amostras de pacientes com câncer de mama e doenças autoimunes (Lúpus Eritematoso Sistêmico, Psoriase e Artrite Reumatoide). Dentro desse contexto, foi desenvolvido um Banco de Dados Biológicos (BDB) estruturado em sistema de gestão de bases de dados relacionais MySQL e a interface gráfca foi desenvolvida em linguagem PHP com implementações em JavaScript e parâmetros de conexão entre os formulários e MySQL. O banco é alimentado com dados pessoais, familiais, epidemiológicos, relativos a marcadores genéticos já investigados pelo LAPOGE e prontuário clínico obtido junto aos médicos que acompanham aqueles pacientes, bem como informações acerca dos protocolos de extração, quantifcação e localização física das amostras em freezers. A utilização desta linguagem permite que os dados sejam posteriormente integrados a outros bancos mundiais. As próximas etapas são a metanalise intercruzando estas informações bem como adequação para padronização eletrônica da captação de dados atraves de Tablets durante as entrevistas e disponibilização do formato do BDB para outras instituições (Suporte Financeiro PNPD CAPES).

 

GBIO 8

CARACTERIZACION DEL TRANSCRIPTOMA DE LA MERLUZA AUSTRAL (Merluccius australis)

Gold J¹, R Vidal², D Reyes², R González². ¹Center for Biosystematics and Biodiversity, Texas A and M University, ²Laboratorio de Ecología Molecular, Genómica y Estudios Evolutivos, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile. e-mail: ruben.vidal@usach.cl

La merluza austral, Merluccius australis, es un pez de la familia merluciidae, cuyo habitad natural se encuentra ubicado principalmente en el hemisferio sur, específcamente en costas chilenas y argentinas, siendo una especie de gran importancia comercial para ambos países. A pesar del gran interés económico generado por esta especie el volumen de información genética disponible aún es reducido. Actualmente el desarrollo de nuevas y mejores tecnologías de secuenciación ha permitido la generación de información genética en forma rápida, efciente y económica de especies marinas no modelos, como lo es la merluza austral. En el presente estudio se secuenció el transcriptoma de Merluccius Australis a partir de muestras de tejido de riñón, bazo e hígado mediante la técnica de pirosecuenciación (454). Las secuencias obtenidas fueron ensambladas de novo y anotadas utilizando los programas CLC, CAP3, MIRA y Blast2GO. Polimorfsmos de nucleótidos simples (SNPs) y microsatélites fueron también identifcados.

 

GBIO 9

IDENTIFICACIÓN IN SILICO DE MIRNAS Y SUS BLANCOS SALMÓN DEL ATLÁNTICO (Salmo salar)

Reyes D, V Cepeda, R González, R Vidal. Laboratorio de Ecología Molecular, Genómica y Estudios Evolutivos, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile. e-mail: daniela.reyesv@usach.cl

Los microRNAs (miRNAs) son pequeños RNAs, no codifcantes y altamente conservados, que regulan la expresión genética de un organismo a nivel post-transcripcional, encontrándose involucrados en diversos procesos biológicos, incluyendo procesos inmunológicos. Sin embargo, hasta ahora, poco se conoce de su rol en la respuesta inmune de peces. El salmón del Atlántico es una de las especies marinas con mayor importancia económica y nutricional a nivel mundial y nacional. Junto con otras especies de producción masiva, el cultivo de salmón a menudo se ve afectado por diversos problemas sanitarios que afectan la producción estable de este organismo. En este trabajo, se utilizaron miRNAs previamente identifcados en vertebrados y bases de datos de ESTs de salmón del Atlántico para identifcar potenciales miRNAs y sus blancos. Un total de 236 miRNAs, y 1.556 potenciales blancos fueron identifcados, 72 de los cuales presentan sitios blancos en secuencias relacionadas a procesos inmunológicos de este organismo. Toda la información se encuentra disponible en una base de datos online (http://www. molgenv.com/ssa_mirnas_db_home.php). Este es el primer estudio in silico que determina que miRNAs regulan genes inmunológicos de este organismo, contribuyendo al entendimiento de la regulación génica mediada por miRNAs de la respuesta inmune de salmón del Atlántico.

 

GBIO 10

PIPELINE COMO HERRAMIENTA BIOINFORMÁTICA PARA EL ANÁLISIS DE DIVERSIDAD FÚNGICA

Ferro M¹, W Souza¹, EA Antonio², M Bacci¹. ¹Laboratório de Evolução Molecular, Centro de Estudos de Insetos Sociais, Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" (UNESP)-Rio Claro, ²Laboratório de Pesquisa em Engenharia de Software (LaPES), Universidade Federal de São Carlos (UFSCar)-São Carlos. e-mail: milenef@gmail.com

La comunidad de microorganismos de una muestra puede ser estudiada mediante metagenómica. Cuando se desea comprobar la diversidad de hongos asociados con el entorno se utilizan por lo general primers para región ITS (Internal Transcribed Spacer). La región ITS se caracteriza por ser pequeña, tener muchas copias en el genoma y acompañarse por segmentos conservados, lo que facilita su amplifcación y secuenciación. En nuestro laboratorio se llevan a cabo varios proyectos que estudian la simbiosis entre hongos y hormigas de la tribu Attini. Por esta razón, se está desarrollando un pipeline para el análisis de la diversidad de hongos. Las secuencias siguen los siguientes pasos: (1) se valida la misma en formato FASTA (2) se verifca la presencia de quimeras usando el programa ChimeraCkeker, (3) las secuencias no quiméricas se alinean utilizando el programa ClustalW, (4) se cortan los extremos de las secuencias alineadas para eliminar las brechas, (5) se analizan por medio del programa de diversidad MOTHUR y (6) se obtienen las curvas de rarefacción y las tablas con los índices de diversidad y riqueza. Cada paso es un componente del pipeline desarrollado como un servicio web REST. Los resultados de cada componente se integran y se almacenan en formato de intercambio XML/JSON. El pipeline tiene una interfaz gráfca fácil de usar y ha sido validado con secuencias obtenidas de trabajos relacionados en nuestro laboratorio para la hormiga Atta laevigata. Apoyo fnanciero: FAPESP.

GBIO 11

EVALUACIÓN DE EVENTOS DE SELECCIÓN MOLECULAR EN LA FAMILIA SPINK EN MAMÍFEROS

Rivadeneira AG¹, MM Maronna², C Rocco², CE Coronel¹. ¹Laboratorio de Bioquímica y Biología Reproductiva, IIByT-CONICET-FCEFyN, UNC, ²Departamento de Genética y Biología Evolutiva, IB, USP. e-mail: rivadeneira.andrea@gmail.com

Las glándulas sexuales de mamíferos presentan 48 familias de inhibidores de proteasas entre las cuales, la familia I1, corresponde a las proteínas inhibidoras de serina-proteasas tipo Kazal, denominadas Spink. Algunas de ellas se unen a la membrana plasmática de los espermatozoides, en la región acrosomal, e inhiben la incorporación de Ca²⁺ extracelular regulando procesos fsiológicos asociados a la fertilización. Utilizando las secuencias génicas disponibles de SPINK1/Spink3 en mamíferos, se propone evaluar posibles eventos de selección molecular en dicho grupo bajo diferentes condiciones de hipótesis evolutivas. A partir de proyectos genómicos y secuencias anotadas, un total de 37 secuencias han sido incorporadas al análisis (34 representan al grupo Mammalia y 3 representan grupos externos). Los estudios de selección fueron realizados a partir de métodos de hipótesis nula, que consideran potenciales eventos de selección purifcadora/ diversifcadora considerando sitios Sinónimos/no Sinónimos (S/nS) de la secuencia proteica codifcada. De un total de 85 codones analizados, 18 sitios codón presentan selección positiva; para modelos de distribución asimétrica de clases de sustituciones S/nS, se detectaron 13 sitios con selección positiva y 26 en condición de selección purifcadora. Asimismo, 5 sitios fueron detectados como eventos de selección de tipo penetrante y 27 como eventos purifcadores penetrantes. El presente estudio muestra una riqueza importante de variaciones nucleotídicas con impacto en la historia aminoacídica-funcional de las proteínas SPINK1/ Spink3.

 

GBI012

RELAÇÕES FILOGENÉTICAS EM ESPÉCIES DE HETEROPTERA À PARTIR DO GENE 16S

Castanhole, MMU¹, SRC Marchesin², MM Itoyama¹. ¹Unesp/ Ibilce, São José do Rio Preto, SP, Brasil, ²UNIP, São José do Rio Preto, SP, Brasil. e-mail: mcastanhole@gmail.com

Os Heteroptera fazem parte do grupo mais diversifcado de insetos não-endopterigotos e não holometábolos, incluindo mais de 40.000 espécies descritas. As infraordens de Heteroptera correspondentes a 92% dos insetos aquáticos são Gerromorpha e Nepomorpha. Os Nepomorpha são caracterizados como insetos verdadeiramente aquáticos e os Gerromorpha como semi-aquáticos, sendo questionados quanto as suas relações flogenéticas. Com base no gene 16S, propomos o estabelecimento das relações flogenéticas entre as espécies neotropicais pertencentes a essas duas infraordens. Para isso realizamos as análises de Parcimônia (software TNT), com bootstrap de 1000 réplicas. O menor número de passos observado, nesta análise foi de 583, com índice de consistência e de retenção de 0,52 e 0,54, respectivamente. Ao analisarmos as topologias verifcamos que houve uma separação consistente das infraordens Gerromorpha e Nepomorpha, sendo que para os Nepomorpha a família Notonectidae permaneceu agrupada, além de ter realizado o agrupamento dos gêneros Martarega e Buenoa. Para a infraordem Gerromorpha verifcamos que houve uma separação consistente para a família Gerridae, mas não para Veliidae, pois a espécie M. longipes permaneceu externamente as duas famílias, porém o gênero Rhagovelia agrupou-se consistentemente com bootstrap alto. Os resultados nos permitem constatar que o gene mitocondrial 16S é um bom marcador, principalmente em nível de gênero, entretanto devemos ampliar o número de táxons e de genes para apresentarmos relações flogenéticas mais robustas. Apoio Financeiro: Fapesp e Fundunesp.

 

GBIO 13

ANÁLISES FILOGENÉTICAS DE ESPÉCIES DE HETEROPTERA BASEADA NAS SEQUÊNCIAS DO GENE MITOCONDRIAL CYTB

Gomes MO, MMU Castanhole, M Itoyama. UNESP-Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Laboratório de Citogenética e Molecular de Insetos. e-mail: mariana.oliveiragomes@gmail.com

O presente estudo foi realizado em 16 espécies de Heteroptera, sendo 8 da família Coreidae e 8 da família Pentatomidae, a partir do sequenciamento e análise do gene mitocondrial Cyt b. Os resultados caracterizaram a variabilidade genética existente nos diferentes grupos de Heteroptera e serviram para estabelecer os relacionamentos flogenéticos, além de fornecer subsídios para as interpretações. Obtivemos bons resultados nos sequenciamentos e nos teste de qualidade dos dados, teste de saturação e sinal flogenético. Nas análises das flogenias observamos bootstrap aceitáveis (100, 69, 63), mas com alguns valores ainda baixos (42, 41, 26). Assim, devemos aumentar o número de sítios informativos para obtermos melhores resultados. De acordo com as matrizes de distâncias os dados obtidos estão dentro do esperado, caracterizando as divergências entre as espécies. Com relação ao grupo externo, todos os valores foram, relativamente, altos, principalmente, na família Coreidae o que justifca o fato de serem mais distantes, as espécies próximas apresentaram valores baixos, indicando mais similaridades entre elas. Os resultados apresentam informações importantes com relação às espécies trabalhadas, como por exemplo, a proximidade entre as espécies do mesmo gênero. Utilizamos um fragmento de, aproximadamente, 450 pb e tentaremos ampliá-lo, na tentativa de melhoramos as flogenias propostas. Apoio: Cnpq, FAPESP, Fundunesp.

 

GBIO 14

IDENTIFICACIÓN MOLECULAR Y ANÁLISIS FILOGENÉTICO DE DOS HONGOS DE PUDRICIÓN, NATIVOS DE MISIONES

Barchuk ML, MI Fonseca, SS Sawostjanik, R D’rico, ML Castrillo, L Ortellado, EM Giorgio, PD Zapata, LL Villalba. Laboratorio de Biotecnología Molecular. Instituto de Biotecnología Misiones. UNaM. e-mail: lucre_barchuk@hotmail.com

La demanda de tecnologías alternativas que causen menos daño al ambiente y mejoren la efciencia y los costos respecto a las tecnologías tradicionales es cada vez mayor. Existen en la naturaleza una gran diversidad de microorganismos capaces de producir un amplio espectro de enzimas hidrolíticas y oxidativas que llevan a la bioconversión de los residuos lignocelulósicos, resultado de las diferentes actividades forestales como son silvicultura, la industria de celulosa y papel, la agricultura y alimentación, todas áreas en gran expansión. Es por ello que es importante la identifcación y caracterización correcta de nuevas especies con potencial biotecnológico. El objetivo de este trabajo fue identifcar y realizar un análisis flogenético de dos hongos nativos de la provincia. Para ello se amplifcaron y secuenciaron diferentes regiones del ADNr del hongo seleccionado (regiones 18S, ITS y 28S). Los análisis de la secuenciación se realizaron mediante el programa Chromaslite 2.01, el cual permite la visualización y edición de los cromatogramas, el alineamiento se realizó con Clustal Wy el análisis flogenético con el programa TNT. Los resultados indican que estas nuevas especies se tratan de Irpex lacteus y Trametes versicolor.

 

GBIO 15

ANÁLISIS IN SILICO DE SNPS EN SITIOS QUE REGULAN LA EXPRESIÓN DEL GEN GLO 1 HUMANO

Kuhbacher WA, M Cubilla, T Bachor, AM Suburo. Laboratorio de Medicina Celular y Molecular. Facultad de Ciencias Biomédicas. Universidad Austral. Pilar B1629AHJ-Argentina. e-mail: alexiswk22@gmail.com

El gen GLO 1 codifca la enzima glioxalasa 1, que participa en la detoxifcación del metilglioxal, y reduce así la formación de productos fnales de glucosilación avanzada (AGEs). Además, parece intervenir en la diferenciación neural. Los escasos Polimorfsmos de Nucleótidos Simples (SNPs) analizados fueron asociados con peor evolución de los trastornos diabéticos, y la incidencia de autismo y depresión. Como hasta el momento se desconoce el efecto fenotípico de otros SNPs, el objetivo de este trabajo consistió en identifcar los SNPs del gen GLO 1 humano ubicados en los sitios que potencialmente regulan su expresión. Se analizaron 434 SNPs de la secuencia NC_000006 (dbSNP, GenBank, NCBI). Utilizamos las herramientas de predicción NNPP y TFSEARCH para delimitar regiones promotoras y de unión a factores de transcripción, respectivamente. ESEFinder 3.0 se empleó para reconocer los sitios de recorte y empalme, y se crearon logos mediante WebLogo 3, previo alineamiento de secuencias en ClustalW, para evaluar la conservación de ciertos sitios en cuatro especies. Encontramos 44 SNPs exónicos:16 no-sinónimos y 28 sinónimos, otros 3 en regiones promotoras, y un SNP que podría afectar el reconocimiento por el factor de transcripción Lyf-1, con 1,4 bits de información en el Logo. Se asociaron 3 SNPs a los sitios de recorte y empalme, mientras que otros 4 SNPs podrían afectar el reconocimiento de las proteínas de la familia SRF (F1,F5,F6). Los Logos sugieren que muchos de estos genes podrían estar involucrados en la regulación génica.

 

GBIO 16

DESARROLLO E IMPLEMENTACIÓN DE UN ENSAYO DE GENOTIPIFICACIÓN MASIVA DE SNPS EN GIRASOL

Zubrzycki J, C Filippi, C Fusari, A Puebla, P Fernandez, E Hopp, R Heinz, V Lia, N Paniego. Instituto de Biotecnología. INTA. e-mail: jzubrzycki@cnia.inta.gov.ar

La genotipifcación de marcadores SNPs utilizando tecnologías de alto procesamiento está siendo adoptada rápidamente por los programas de mejoramiento de distintas especies. Esto se debe al potencial que poseen estas técnicas en relación al incremento tanto en la velocidad como en la efciencia de obtención de datos confables, a costos moderados. En este trabajo se describe el desarrollo de un panel de genotipifcación de 384 SNPs diseñado para realizar estudios de diversidad, de mapeo por asociación, de mapeo en poblaciones biparentales y para caracterizar recursos genéticos en girasol. El conjunto de SNPs se obtuvo a partir de dos estrategias: (1) identifcación in silito de sitios variables realizada a partir del ensamblado de secuencias públicas de EST de girasol cultivado; (2) selección de genes candidatos en base a la anotación funcional y posterior secuenciación y tipifcación de SNPs sobre un conjunto de líneas endocriadas de girasol. Actualmente están llevando adelante de manera exitosa estudios piloto de genotipifcación sobre una población no estructurada para mapeo por asociación y una población biparental de mapeo de referencia. Sobre esta última ha sido posible la incorporación al mapa genético de 50 marcadores SNPs (LOD= 3, frecuencia de recombinación= 0,35) distribuidos de manera uniforme a lo largo de los 17 grupos de ligamiento. Paralelamente se esta construyendo una base de datos de huella genética basada en SNPs para la caracterización e identifcación de variedades.

 

GBI017

IDENTIFICACIÓN DE NUEVAS VARIANTES GENÉTICAS EN PACIENTES CON TELANGIECTASIA HEMORRÁGICA HEREDITARIA

Cajal AR¹, CV Ramirez¹, LD Costa², MM Serra³, PF Argibay¹. ¹Unidad de Medicina Molecular y Genómica, Instituto de Ciencias Básicas y Medicina Experimental (ICBME). Hospital Italiano de Buenos Aires, ²Instituto de Ciencias Básicas y Medicina Experimental (ICBME). LBAL. Hospital Italiano de Buenos Aires, ³Servicio de Clínica Medica. Hospital Italiano de Buenos Aires. e-mail: andrea.cajal@hiba.org.ar

La Telangiectasia Hemorrágica Hereditaria (HHT) un desorden autosómico dominante caracterizado por epistaxis, telangiectasias mucocutáneas, hemorragias gástricas y malformaciones arteriovenosas en pulmón, hígado, tracto gastrointestinal y SNC. Mutaciones en ENG y ACVRL1 son asociadas con esta enfermedad (HHT1 y HHT2 respectivamente). Se analizó por PCR y secuenciación, 11 exones de ENG en 10 individuos con diagnostico clínico de HHT. Para el análisis de nuevas variantes missense se utilizó PolyPhen-2 y SIFT. Se identifcaron 6 SNP`s ya descriptos y 3 variantes missense no reportadas previamente. Los resultados con ambos programas indican que 2 de las 3 variantes (pN59S y pG558R) serían benignas o toleradas (PolyPhen: score= 0.005-sensitivity= 0.97; specifcity= 0.44- y score= 0.010 -sensitivity= 0.96; specifcity= 0.50-, respectivamente. SIFT: score= 0.3; Median information content= 2.79 y score= 0.54; Median information content= 2.61, respectivamente), mientras que la otra variante (pL370Q) sería deletérea (PolyPhen: score= 0.977 –sensitivity= 0.58; specifcity= 0.94-. SIFT: Score= 0, Median information content= 2.57). Ninguno de los 10 pacientes presentó mutaciones previamente asociadas a HHT1 en los exones analizados. Se continúa con el análisis de exones y ACVRL1. Aunque los programas bioinformáticos son útiles herramientas para evaluar consecuencias de nuevas variantes sobre la funcionalidad proteica, es necesario realizar un análisis de segregación familiar y evaluar un grupo control para establecer las frecuencias alélicas de las variantes identifcadas.

GBIO 18 PROSPECCIÓN DE GENES CANDIDATOS PARA CARACTERES ASOCIADOS AL RENDIMIENTO EN TRIGO PAN

Ramirez IA¹, AC Pontaroli². ¹FCA-UNMdP, ²EEA Balcarce

INTA–CONICET.

e-mail: nachotl@hotmail.com

El aumento del rendimiento es el principal objetivo del mejoramiento genético en trigo, pero el conocimiento de sus bases genéticas y moleculares es menor que en especies relacionadas. Gracias al alto grado de conservación en regiones génicas entre las gramíneas, la información generada en otras especies puede ser aplicada en trigo para la prospección de genes candidatos asociados al rendimiento. Se realizaron búsquedas bibliográfcas y en bases de datos públicas y se seleccionaron 12 genes de arroz y 4 de cebada que controlan caracteres relacionados al rendimiento. Estas secuencias fueron comparadas con EST ("expressed sequence tags") y ADNc de trigo disponibles públicamente. Se obtuvieron secuencias similares para ocho de los genes seleccionados (involucrados en la determinación del tamaño y peso de grano en arroz (cinco genes), número de hileras de espiguillas por espiga en cebada (un gen), resistencia a vuelco en arroz (un gen) y arquitectura de planta en arroz (un gen). Estas secuencias se alinearon globalmente y se identifcaron los dominios proteicos con las bases de datos de Pfam y Prosite. Se consideraron secuencias homólogas a aquellas que cumplieron con las siguientes condiciones: a) un valor e =10^-10, b) longitud mayor a 2/3 de la secuencia correspondiente en arroz o cebada y c) dominios proteicos conservados. Como resultado, todas las secuencias identifcadas en trigo reunieron estas condiciones. A partir de las mismas se amplifcarán fragmentos por PCR para determinar la variación alélica existente en variedades de trigo de distinto rendimiento potencial.

 

GBIO 19

AVANCES EN LA DETERMINACIÓN DE LA DIVERSIDAD GENÉTICA DE CEPAS PERUANAS DE Taenia solium USANDO

MICROSATELITES

Eguiluz M¹, M Pajuelo¹, F Guzman¹, P Sheen¹, M Zimic¹, H Garcia². ¹Unidad de Bioinformática y Biología Molecular-Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima, Perú, ²Unidad de Cisticercosis - Instituto de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú. e-mail: maria.eguiluz.m@upch.pe

La cisticercosis es una enfermedad endémica en muchos países en desarrollo causante de

enfermedades neurológicas crónicas signifcativas. El estudio de la variación genética es esencial en el estudio de la transmisión y la epidemiología de Taenia solium, puesto que variantes genéticas pueden diferir en su infectividad, patogenicidad y respuesta a tratamientos. La disponibilidad de la secuencia de un genoma ha permitido demostrar que los microsatélites están ampliamente distribuidos. El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar el polimorfsmo de marcadores microsatélites en muestras de Taenia solium. Las secuencias de un solo locus fueron identifcadas usando Blast y un programa ad-hoc desarrollado por Gurie et al. Se fltraron los motivos de 3-10pb con un mínimo de 3 repeticiones y se seleccionaron aquellos que mostraron diferencias en los motivos entre la secuencia genómica y los ESTs publicados en el Genbank. De un total de 300 marcadores, se seleccionaron 13 marcadores que fueron evaluados en una muestra de 12 parásitos colectados de Tumbes y Puno. Cada marcador candidato fue amplifcado por PCR convencional. Se detectaron los productos usando el sistema capilar QIAxcel. Todos los fragmentos amplifcados coincidieron con el tamaño predicho. Tres marcadores resultaron polimórfcos, diferenciando los genotipos de Tumbes y Puno, y agrupándolos en dos grandes grupos. El polimorfsmo de los microsatélites mostraron que T.solium tiene una diversidad genética no reportada anteriormente, apoyando la hipótesis de algún proceso de recombinación genética en Taenia solium

 

GBIO 20

OBTENCIÓN DE FRAGMENTOS GÉNICOS DE CELOBIOHIDROLASAS EN CEPAS DE Trichoderma SP AISLADOS EN MISIONES

Castrillo ML, NS Amerio, MI Fonseca, MD Rodriguez, GA Sioli, LL Villalba, PD Zapata.

Laboratorio de Biotecnología Molecular. Módulo de Bioquímica y Farmacia, Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales, UNAM. Posadas, Misiones.

e-mail: natymort@hotmail.com

La bioconversión de celulosa a etanol a través de las enzimas celulasas ha surgido como una alternativa potencial para reducir el uso de combustibles fósiles y la polución ambiental, pero el alto costo de producción ha obstaculizado su aplicación industrial. Un posible camino es profundizar los conocimientos sobre las características bioquímicas y moleculares de los sistemas enzimáticos de microorganismos productores de celulasas para favorecer el empleo de diferentes estrategias biotecnológicas como sobreexpresión del gen, clonado, expresión heteróloga, etc. En este sentido los hongos del género Trichoderma secretan un conjunto de enzimas celulasas que actúan sinérgicamente para hidrolizar la celulosa. Dentro de tales enzimas, las celobiohidrolasas (CBH) son las más abundantes del conjunto. Nuestro objetivo fue obtener un fragmento génico de la enzima celobiohidrolasa I mediante cebadores degenerados a partir de Trichoderma sp. Se diseñaron cebadores degenerados sobre regiones conservadas en base a secuencias proteicas y conocidas de CBHI en ascomicetes. Luego de la amplifcación los fragmentos génicos fueron purifcados y secuenciados. La secuencia obtenida en Trichoderma sp. arrojó una identidad máxima del 95% con el gen de celobiohidrolasa (cbh1) de Trichoderma harzianum, por tanto nuestro fragmento pudo reconocerse como un nuevo miembro de las celobiohidrolasas.