Abstract

BRUNO, C.; ARROYO, A.; GIMENEZ PECCI, M. P.  and  BALZARINI, M.. Comparación de ordenaciones de muestras a nivel de secuencias de aminoácidos, nucleótidos y marcadores RFLP. BAG, J. basic appl. genet. [online]. 2007, vol.18, n.1, pp.39-49. ISSN 1852-6233.

Las distancias entre muestras obtenidas a partir de datos de secuencias de nucleótidos, aminoácidos y de marcadores moleculares son frecuentes en Biología Molecular. El Escalamiento Multidimensional (MDS) es una técnica estadística que permite conocer la estructura subyacente entre muestras vía representación gráfica de su matriz de distancias. Con m muestras evaluadas en p nucleótidos, p aminoácidos o p marcadores, el MDS comienza con una matriz de distancia D_m×m y obtiene un nuevo sistema de coordenadas para ordenar las muestras en un plano. En este trabajo se ordenan muestras de cDNA viral mediante MDS aplicado sobre distintas matrices de distancia: Jones-Taylor-Thornton (distancia entre secuencias de proteínas), Felsenstein84 (distancia entre secuencias de nucleótidos), raíz cuadrada del complemento a uno de los valores de identidad obtenidos durante el alineamiento múltiple de secuencias de aminoácidos y nucleótidos y raíz cuadrada del complemento a uno de los coeficientes de similitud de Dice y Emparejamiento Simple entre perfiles de datos de marcadores RFLP. Una nueva versión de MDS es propuesta para mostrar simultáneamente ordenaciones de diferentes tipos de datos genómicos. Las ordenaciones bidimensionales de las muestras virales, obtenidas bajo diferentes modelos de distancia, fueron comparadas por rotación procrustes y se obtuvo una ordenación de consenso.

Keywords : Distancia euclídea; Escalamiento multidimensional métrico; Rotación procrustes; Virus del Mal de Río Cuarto.

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